조선 초기의 교육제도는 지방의 향교, 중앙의 사부학당, 성균관으로 이루어지는 관학이 중심이었다. 그러나 고려말부터 대두하기 시작한 소규모 서재(書齋)의 사학도 인정되었으며, 국가에서 그러한 사학을 장려하기도 했다.

16세기 후반부터 세워지기 시작한 서원은 고려말 조선초에 존재하던 서재의 전통을 잇는 것이었다. 그러나 서재의 성격이 단순히 유자의 안거강학(安居講學)의 장소였던 데 반해 서원은 안거강학의 기능뿐만 아니라 선현을 봉사하는 사묘(祀廟)를 가지고 있었으며 엄격한 학규에 의해 운영되는 특징을 가졌다.
서원은 지방사림세력의 구심점이 되었으며, 나아가 중앙 정치세력의 제지 기반으로서의 기능을 갖고 있었다.

최초의 서원인 백운동서원은 1543년(중종 38)에 풍기군수 주세붕이 세운 것으로 안향을 봉사 대상으로 하고 학규는 주희가 세운 백녹동서원의 것을 본받았다.

그후 1550년(명종 5) 이황이 풍기군수로 재직하면서 백운동서원의 사액을 요청하여 이를 실현시킴으로써 초기의 서원 발전에 크게 기여했다. 사액은 편액뿐만 아니라 서원의 유지 관리를 위한 토지와 노비, 다량의 서적이 부수되는 것이었다. 이는 서원이 단순한 사설 교육기구에 머무르지 않고 국가 공인하에서 발전하고 보급되는 계기가 되었다. 서원은 선조 때에 들어와 사림파가 정치의 주도권을 잡으면서 본격적인 발전을 이루게 되었다. 이미 명종 때까지 거의 20개에 가까운 서원이 세워졌으나 선조 때에는 50여개의 서원이 세워지고 그 가운데 21개의 서원이 당대에 사액을 받았다.

서원의 설립은 대체로 후손과 문인을 포함한 일향 사람들의 주관하에 이루어졌는데 본읍이나 인근 지방관이 서원의 설립에 적극적으로 협조하는 경우도 많았다. 서원의 인적 구성은 원임(院任)과 원생(院生)으로 나누어진다.
원임은 원생의 교육과 서원의 제반 대소사를 관장하는 책임자인 원장(院長)을 비롯하여 서원의 향사(享祀)·교육·재정의 실무를 담당하는 유사들로 구성되었다.
원생은 양반 자제들 가운데서 유교적 소양을 어느 정도 갖춘 생원·진사·초시입격자·유학들로 구성되었다. 이들 원생들에 대한 교육과정은 과거시험을 준비하기 위한 교육에 그치지 않고 성리학의 교육과 연구 그 자체를 목적으로 하기도 했다는 점에서 그 특징이 있었다.

서원의 경제기반은 토지와 노비를 바탕으로 했는데, 본래 각지의 사림에 의해 설립된 사학이었으므로 원칙적으로 국가로부터의 경제적 보장책은 없었다.
단지 국가가 승인하는 형식인 사액의 경우 면세전 3결(結)과 노비 1구(口)의 사여가 따랐다. 그러나 사원은 설립 당초부터 그 지방의 사림으로부터 토지나 노비가 기증되는 경우가 많았다. 특히 시대가 내려오면서 서원이 사회적 위세를 지니게 되자 면세를 목적으로 납입되는 토지, 면역을 목적으로 투탁하는 양인이 많아져 사회문제가 되기도 했다.
초기의 서원은 대체로 그 건립이나 운영에 있어 향촌자치적 성격이 강했다.
그러나 그 후 서인과 남인의 정치적 대립의식이 치열해지면서 서원의 설립에 중앙 권력이 개입하기 시작했다. 그러한 현상은 숙종대에 이르러 더욱 심해져서 각지에 서원이 남설(濫設)되는 결과를 가져왔다. 남설되는 서원은 봉사 대상 인물의 선정이 원칙에서 크게 어긋나는 경우가 대부분이었으며, 이 시기에 강화되어가던 가문의식이 서원의 남설을 초래하기도 했다. 후손이나 문중에 의해 설립되는 경우가 많아지고, 그러한 서원은 교육기구로서의 1차적 기능이 흐려지고 봉사 위주의 성향이 현저해진 상태에서 가문의 권위를 드러내는 수단으로 활용되었다.

이러한 서원의 남설에 대해서는 1714년(숙종 40)에 첩설(疊設) 금지령이 내려지는 등의 제재조치가 행해졌다. 그러나 금령이 실천에 옮겨진 것은 1727년(영조 3)부터 였다. 이때 처음으로 금령을 어기고 첩설된 것들에 대한 철회조치가 단행되었다. 그 후 영조·정조 때를 통해 서원의 남설에 대한 억제정책이 계속되었지만 한편으로는 필요에 따라 신설 사액되는 것도 있었다.

19세기 세도정치기에는 정권의 기반이 사림에 있지 않았기 때문에 신설 사액이 현저히 줄어들었으나, 그 문란은 더욱 심했던 것으로 보인다. 그러한 서원의 문란에 제동을 건 것이 1871년(고종 8) 대원군의 서원 철폐 조치였다. 그는 당시 679개의 서원 가운데 47개의 사액 서원만을 남기고 나머지는 모두 혁파했다. 지금 남아 있는 서원들은 대한제국 이후에 다시 세워진 것도 있으나 대부분이 47개소에 해당되는 것이다.

서원은 존현(尊賢)과 강학(講學)이라는 기능에 의해 공간구성·배치수법이 문묘나 향교와 유사하다. 즉 선현에게 제사를 지내는 공간이 사당, 교육을 담당하는 공간이 강당, 유생들이 공부하며 숙식하는 공간인 동재(東齋)·서재(西齋)로 크게 나누어진다.
이러한 중심건물 외에도 문집이나 서적을 펴내는 장판고(藏板庫), 이를 보관하는 서고, 서원의 관리 및 유생들의 식사 준비 등 생활 전반을 뒷받침 해주는 교직사(校直舍), 제사에 필요한 그릇을 보관하는 제기고(祭器庫) 등의 부속 건물이 있다.

택지는 음양오행설과 풍수지리설에 따라 적당한 위치를 선택했는데 거의 앞이 낮고 뒤가 높은 구릉지가 많다. 남쪽에서부터 정문·강당·사당을 일직선상에 두고 그 양쪽에 동재와 서재를 배치했다.
사당에는 따로 담장을 쌓고 내삼문(內三門)을 만들어 통행하도록 했다.
교직사는 강당 서쪽에 따로 담을 쌓아 배치하고, 제기고는 사당 앞 옆쪽에 세우는 것이 일반적이다.
강당의 구조는 익공식(翼工式)의 단층팔작집이 일반적이며, 동재와 서재는 민도리집 형식인 단층맞배집, 사당은 익공식 단층맞배집으로 건축되어 검소한 선비정신에 따라 복잡한 장식을 피하고 간소한 양식을 취했음을 알 수 있다.
또 담장을 높지 않게 세우고 그 일부를 터서 내부에서 밖의 자연과 접할 수 있도록 했다. 여기에 조경식물도 적절히 심어 자연과의 조화를 꾀했다.

현존하는 서원 가운데 대표적인 것으로는 경상북도 영주시 순흥면의 소수서원(사적 제55호), 경상북도 경주시 안강읍의 옥산서원(사적 제54호), 대구광역시 달성군 구지면의 도동서원(보물 제350호), 경상북도 안동시 도산면의 도산서원(사적 제170호), 전라남도 장성군 황룡면의 필암서원(사적 제242호), 경상북도 안동시 풍천면의 병산서원(사적 제260호) 등이 있다.